武媚娘总算苦尽甘来，离开感业寺，重返皇宫。她为人乖巧聪慧，很会玩弄权术。初进宫中，她侍奉王皇后十分谦恭有礼，王皇后很喜爱她，多次在李治面前称赞她。不久李治又下诏封武媚娘为昭仪，这样一来，李治每夜专宠武媚娘，再也不到王皇后与萧淑妃的寝宫了。这时，王皇后才如梦方醒，大骂自己愚蠢，又转过来与萧淑妃组成统一战线，一同在李治面前说武媚娘的坏话，但李治都不予理睬。武媚娘当上昭仪后，就想追赠她的父亲官爵，却感到师出无名，于是就打着褒奖、赏赐大唐帝国开国元勋的名义，追赠屈突通等十三位功臣的官爵，其中就包括其父武士彟。
王皇后、萧淑妃与武媚娘相互诋毁对方，李治不相信王皇后与萧淑妃说的话，只相信武媚娘说的话。王皇后不能曲意讨好李治身边的人，其母亲柳氏及舅父柳奭进宫时遇见其他嫔妃，又傲慢无礼。武媚娘对王皇后身边的人，不管地位高低，都倾心与之相交，把所得到的赏赐都分给她们。因此，王皇后与萧淑妃的一举一动，武媚娘都了如指掌，经常把它奏明李治。
八月初三，夜晚下大雨，山洪暴涨，冲到了玄武门，宿卫的飞骑们都逃散。右领军郎将薛仁贵斥责道：
“哪有宿卫之士，在天子有难时而贪生怕死的呢!”
于是登上玄武门宫墙，大声呼叫预警，李治急忙出来登上高处，一会儿雨水漫入寝殿，溺死卫士及麟游县的居民三千多人。
八月下旬，恒州发大水，呼沱河的水漫溢，淹没了五千三百家。
吏部尚书柳奭因王皇后失宠，心里很不自安，请求解除自己职务。于是，李治就借着天降大雨，因是上天警戒我朝廷大臣失职的理由，顺水推舟，罢黜他的参预政事一职，仍然任吏部尚书。
王皇后虽然失宠，但是李治还没有废后的想法。恰好此时武媚娘生下了一位公主，王皇后去看望小公主时，正好武媚娘出去了，王皇后看到小公主非常可爱，就逗弄她玩。等王皇后离开后，武媚娘听说王皇后来过，她就一不做二不休，暗中把小公主掐死，用被子把她盖上。
武媚娘内心忏悔道：“祝愿小公主来世不要再生在帝王家。”
等李治来看望小公主时，武媚娘假装欢笑，打开被子来看，小公主已经死了，立即惊恐得哭闹起来。李治急忙询问宫中的人，宫女们都说：
“刚才王皇后来过这里。”
李治大怒：“王皇后杀死了我的女儿!”
武媚娘借机哭着数落王皇后的罪过。王皇后无法申辩，李治因此有了想废王皇后而立武媚娘为皇后的想法。
李治担心辅政大臣们不同意废立皇后，于是李治与武媚娘一道拜访太尉长孙无忌，宴饮酣畅之时，在酒席上封长孙无忌的三个儿子为朝散大夫，又用十辆车子装载着金银珠宝、丝绸锦缎来赐给长孙无忌。李治借机说王皇后没有子嗣来暗示长孙无忌，长孙无忌环顾左右而言他，始终没有顺从李治上的旨意，李治与武媚娘就不欢而散。
武媚娘的阿娘杨氏多次到长孙无忌的府上，请求他同意立武媚娘为皇后，长孙无忌最终没有答应。礼部尚书许敬宗也多次劝说长孙无忌，长孙无忌声色俱厉地斥责他。
于是，武媚娘诬告王皇后与其母魏国夫人柳氏施厌胜术诅咒她，李治大怒，敕令禁止王皇后的母亲柳氏进入宫内。同时，贬谪吏部尚书柳奭为遂州刺史。柳奭离开长安，当走到扶风县时，岐州长史于承素迎合旨意，上奏称柳奭泄漏了宫禁秘密，柳奭又被贬为荣州刺史。
唐朝因袭隋朝制度，后宫设有贵妃、淑妃、德妃、贤妃，都为正一品。李治看长孙无忌不同意武媚娘当皇后，就想为武媚娘特别设置宸妃一职位，长孙无忌与褚遂良劝谏说没有先例，于是作罢。
中书舍人李义府被长孙无忌所憎恶，被贬为壁州司马。（唐代中书舍人，相当于中央办公厅秘书）调令还未到门下省，李义府就暗中向中书舍人王德俭问计，王德俭说：
“陛下想立武昭仪为皇后，犹豫不决，只是担心宰相们有异议罢了。你如果能建议立武媚娘为皇后，那就转祸为福了。”
李义府听后惊喜若狂，当日代替王德俭在宫中值宿，就直接找李治表奏，请求废王皇后，并立武媚娘为皇后，以实现天下人的愿望。李治听罢非常高兴，赏赐他珍珠一斗，让他留下来官居旧职。武媚娘也暗中派人勉励他。不久，破格提拔李义府为中书侍郎。于是卫尉卿许敬宗、御史大夫崔义玄、中丞袁公瑜都纷纷暗中向武媚娘表忠心。
一年后，武媚娘生下一皇子，取名李弘。当李弘长到四个月时，李治认为立皇后的时机成熟了。有一天退朝后，李治召长孙无忌、李积、于志宁、褚遂良、袁天纲进入内殿。